Workflow Bam to BigWig 01

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概要

BAM から BigWig を作成する。この際、各ポジションのリード数を RPM (reads per million: 合計リード数/100万) で割った値をスコアとする。

フロー

  • NGS: SAMtools > Flagstat tabulate descriptive stats for BAM datset
    • BAM ファイルの合計リード数とマップされたリード数を出力します。
  • 手作業: RPM (read per million: 合計リード数/100万) の逆数 (100万/合計リード数) を計算しておきます。
    • 合計リード数が 200万リードであれば、RPM の逆数は 0.5 となります。
  • BEDTools > Create a BedGraph of genome coverage
    • BAM ファイルから各領域のカバレッジをスコアとする BedGraph ファイルを作成します。
    • この際、RPMで補正をかけるためには、"Scale the coverage by a constant factor" に RPM の逆数を指定します。
  • Convert Formats > Wig/BedGraph-to-bigWig converter
    • IGV で表示するためには bigWig ファイルが必要なので、BedGraph ファイルから bigWig ファイルを作成します。
    • bigWig はバイナリ形式なのでテキストとして中身を表示できませんが、サイズが小さいという利点があります。