Workflow ChIP-seq 01

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概要

ヒトhg19にマップ済みのリード(BAMファイル)からmacsでピークを検出した後、

ヒト遺伝子のTSS前後1,000bpとオーバーラップするピークを出力します。

使用する主なツール:
  • macs
  • awk
  • join

入力ファイル

  • BAM File: マップ済みリード(bamファイル)
  • Gene List File: 遺伝子リスト(bedファイル)
  • Gene ID x Name Table: UCSCの遺伝子IDと遺伝子名のクロスリファレンス表

出力ファイル

  • macsのレポート(html)
  • macsのピーク(wigファイル)
  • 検出されたピークと対応する遺伝子(csvファイル)

テスト方法

  • ファイルをヒストリーにダウンロードするためには、左ペインのツールの右横にあるアイコン [Download from URL or upload files from disk] > [Paste/Fetch data]を選択し、URLテキストボックスに以下のURLを入力して [start] をクリックします。
http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/test.bam
http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/knownGene.bed
http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/kgXref.tabular
  • ワークフローを実行します。
    • [Workflow] > [ChIP-seq 01] > [run] をクリックします。