Workflow ChIP-seq 04

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概要

ワークフロー「ChIP-seq 03」のマッピングを Bowtie2 から BWA に変更したものです。

フロー図

テスト方法

  • Download References ツールを使って BWA Index UCSC hg19 をダウンロードします。(初回実行時のみ)
  • ツールパネルのダウンロードボタンからURLテキストボックスに以下のURLを入力してダウンロードします。
    • ファイルフォーマットとして fastqsangar を選択します。
http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_02/test.fastq.gz
  • FASTQファイルのファイルフォーマットを fastqsangar にするのを忘れた場合はそのように変更します。
  • ワークフローを実行します。 [Workflow] > [ChIp-seq 04] > BWA で hg19 を選択 > [run] をクリックします。
  • もっと大きな FASTQ ファイル(展開して 2.7 GB)を使う場合はこちら。上の test.fastq.gz (展開して 99.8 MB)はこのファイルの一部です。
http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_02/SRR020051.fastq.gz