Workflow GATK4Beta

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概要

本ワークフローは、NGSから出力されたfastqデータをLAST、BWAの2つのアライメントツールでそれぞれマッピングを行ってBAMファイルを生成し、それぞれのBAMファイルからバリアントをコールする、というものです。 (将来的にはその後段処理も実装予定。)

尚、GATK4の検証も兼ねて、recalibrationやHAPLOTYPECALLER等のGATK使用部分はGATK4を使用します。

現状

GATK4必要部分ツールの実装及び検証中

実装検証中オプション

  • BaseRecalibrator
  • PrintReads
  • HaplotypeCaller


また、上記ツールを走らせる為のテスト用データの選定中