Workflow MiGAP

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2016.4.22現在、-remote をつけるblastが動かない
那須野さんから、Galaxyでdockerを呼ぶ時にオプション --net none がつくことを教えていただき (通常のdockerコマンドのデフォルトは --net bridge)、 これをbridgeに変更すべくjob_conf.xmlに<param id="docker_net">bridge</param>をつけたところ、 blastが-remoteで実行できるようになりました

概要

MiGAPを用いて微生物ゲノムのアノテーションを行う

  1. TestToolShed: 「migap(Owner:emihat)」をインストール
  2. テストデータ: 適当な微生物ゲノムのFastaを「GetData」(例:NC_009925)
  3. アノテーションデータ: 以下のCOGデータを「GetData」
  4. ワークフロー実行: 以下のデータを指定して実行
    • Step1のInput dataset: 2のFastaを指定
    • Step2のInput dataset: 3のCOG myvaを指定
    • Step3のInput dataset: 3のCOG whogを指定
    • Step4のInput dataset: 3のCOG myva=gbを指定

注意

  1. RefSeq search(-remoteでNCBIに対してblastp)で以下のエラーが出た。NCBIサーバの問題?再試行中
Error: Error: internal_error: (Severe Error) Blast search error: Details: search failed. # Informational Message: [blastsrv4.REAL]: Error: CPU usage limit was exceeded, resulting in SIGXCPU (24).  

Biostartで似た報告あり→https://www.biostars.org/p/106819/

  1. COG search(手元に用意したCOG myva(fasta)に対してblastp)がNC_009925をクエリとして実行すると12時間程度経ったのちKillされる(2回実行して2回とも)。小さいクエリだと正常終了する。原因不明。makedbしておかないと不安定なのか?


入力ファイル

微生物ゲノムのFasta

出力ファイル

Genbank, Emblフォーマットなどでアノテーション結果が出る

フロー図

MiGAP WF.png

テスト方法