Workflow VM DNApod

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概要

DNApod: DNA Polymorphism annOtation Database

DNApod は、DDBJが運営する新型シーケンサ出力配列のアーカイブデータベースDDBJ Seuence Read Archive (DDBJ SRA) から、統一された解析手法でDNA多型を抽出し、既知の遺伝子注釈をつけたデータベースと、Webベースで同様の解析ができる解析ワークフローです。現在、植物に対応しています。

オリジナルのDNApodサイトはこちらです。

DNApod ワークフローは、DDBJ Read Annotation Pipeline 基礎処理部 + Pitagora-Galaxy Virtual Machine Image から構成されます。 ワークフローの詳細は、こちら を参照してください。


入力ファイル

  • VCF File: samtools mpileup にて作成されたVCFファイル


出力ファイル

  • SNP データ (VCF)
  • Insertion/Deletion データ (VCF)
  • DNA 多型 (SNP + InDel) データ (VCF)
  • ゲノム上の DNA 多型の分布の描画ファイル (html)
  • DNA 多型の既知遺伝子注釈情報ファイル (html, VCF)


フロー図

Flowchart.001.png

テスト方法

テスト方法、テストデータはこちら をご参照ください。