Workflows

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仮想マシンのワークフロー

現在のワークフロー

  • 各ワークフローのベンチマーク結果はこちら
ワークフロー名 概要
RNA-seq 01 FastQC - TopHat2 - Cufflinks - Cuffmerge - Cuffdiff
RNA-seq 02 FastQC - FastqMcf - Sailfish
RNA-seq 03 bam2readcount - edgeR - vehp
ChIP-seq 02 Bowtie2 - MACS - 遺伝子の TSS 前後 1,000 bp と重なっているピークを取得
ChIP-seq 03 Bowtie2 - 4種の peak calling: MACS(1.3) / MACS(1.4) / MACS2 / SICER - 同じ BED 形式で出力
ChIP-seq 04 BWA - 4種の peak calling (上の ChIP-seq 03 と同じ)
BS-seq 01 Bisulfighter によるメチル化変化の検出
Variant Calling 02 GATK 3.3_0 を利用したバリアントの検出 (GenomyAnalysisTK, Picard)

開発中のワークフロー

ワークフロー名 概要
RNA-seq 05 Trinity + Rsem
Variant Calling 01 GATK 1.6 を利用したバリアントの検出
Variant Calling 03 HLA (ヒト主要組織適合抗原) タイピング/解析ツール
Variant Calling 04 RNA-SeqからのVariant call: STAR + GATK
ChIP-seq 05 ピーク領域をウィンドウに分割して可視化する
DNApod Workflow DNA polymorphisms の検出 + 既知遺伝子アノテーション
ChIP-seq 05 ピーク領域をウィンドウに分割して可視化する
MiGAP MiGAPを用いた微生物メタゲノムのアノテーション
MeGAP MeGAPを用いた微生物メタゲノムのアノテーション(前半)
Qiime
Bridger

過去のワークフロー

ワークフロー名 概要
ChIP-seq 01 MACS - Join - Join two Datasets


外部サーバーのワークフロー

Galaxy Main

ワークフロー名 概要
Bam to BigWig 01 BAM から BigWig を作成する。この際、スコアを合計リード数で補正する。


Orione

ワークフロー名 概要
orione-live-supplement 微生物NGS解析:リードの前処理、リシーケンシング、de novoアセンブリ、RNA-Seq、メタゲノム
Workflows 論文Supplementary MaterialのWorkflows

VirAmp

ワークフロー名 概要
Workflows ウイルス ゲノム アセンブリ

Huttenhower Lab

ワークフロー名 概要
Workflows メタゲノム解析

この Wiki にワークフローを追加する手順

  • 上記の適切な表に新規行を追加します。ワークフロー名が「Variant Calling 01」の場合は次のように記載します。
|-
| [[Workflow Variant Calling 01|Variant Calling 01]]
| GATK 1.6 を利用したバリアントの検出
|-
  • このWikiリンクに移動すると新しいページ「Workflow <ワークフロー名>」が作成されます。
  • ここに、次の必須項目をコピペして、ページの内容の編集を開始します。
[[Main Page]] >> [[Workflows]] >>

== 概要 ==

=== 入力ファイル ===

=== 出力ファイル ===

== フロー図 ==

== テスト方法 ==