Difference between revisions of "Meetup 2017-05"

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- mulled を dockerhub や、自分のリポジトリの docker image にも対応させたい
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  - https://github.com/galaxyproject/galaxy への変更は、tool.xml や mulled 自体に変更が必要で、一気にやるのは大変そう
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  - 方針変更して、galaxyproject/galaxy のサブセットの https://github.com/galaxyproject/galaxy-lib から攻めてみる
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  - mulled-search は他から参照されていないため、修正しやすそう
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  - 動作確認してみると、quay.io/biocontainers ではなく quay.io/mulled をデフォルトで検索している様子
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    - mulled プロジェクトは既に biocontainers に移動しており、リポジトリが存在しない
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    - Pull Request 出した (https://github.com/galaxyproject/galaxy-lib/pull/57)
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      - Merge された
  
 
===== 末竹 =====
 
===== 末竹 =====

Revision as of 07:32, 10 May 2017

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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2017年5月10日(水)
  • 場所: 先端研4号館4階セミナールーム
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-17:00 ツールの開発
17:00-17:30 今日のまとめ (Skype 参加可)

併催イベント

Meetup 後、市民講座「オープンデータを分析する 〜 微生物ゲノム編」にて Galaxy を紹介します。

内容

全体
山中
大田
  • FaQCs を Galaxy にインストールする
    • 門田さんに頼まれている原稿で使う
    • インストールスクリプトを作ったけど、WindowsだとVirtualboxのコンソールからインストールするのはしんどい
    • Rがdependenciesに入っているのでtoolshedに入れたくない
    • docker でやりたいが 0.3系 VM for Windows はまだ表に出ていない
    • 0.3系VM for Windows を作ろうということになった ←結論
  • 現場の会のハンズオンについて
    • アドリブでやります
    • Galaxy の概要 (おおた), Public Galaxy Server について (すずき)
  • Terraform で CWL を AWS 上に Launch する件について
    • 那須野さんから教えを授かる
  • 資源最適配置の設計について
    • いのちだいじに
丹生

- mulled を dockerhub や、自分のリポジトリの docker image にも対応させたい

 - https://github.com/galaxyproject/galaxy への変更は、tool.xml や mulled 自体に変更が必要で、一気にやるのは大変そう
 - 方針変更して、galaxyproject/galaxy のサブセットの https://github.com/galaxyproject/galaxy-lib から攻めてみる
 - mulled-search は他から参照されていないため、修正しやすそう
 - 動作確認してみると、quay.io/biocontainers ではなく quay.io/mulled をデフォルトで検索している様子
   - mulled プロジェクトは既に biocontainers に移動しており、リポジトリが存在しない
   - Pull Request 出した (https://github.com/galaxyproject/galaxy-lib/pull/57)
     - Merge された
末竹

- 実際、自分が Galaxy で何をやるかの確認 -- 自身の卒論のテーマが『二次代謝生合成系遺伝子の転写解析』で、

那須野
鈴木

regarding microbial genomics and MetaSUB project.

Richard Hugues
  • Ok my contribution to the day: Prepared presentation to citizen scientist on metagenomics and the metasub Paris project.
Anish MS Shrestha
  • prepared presentation titled

計算機で生命を理解する for オープンデータを分析する 〜 微生物ゲノム編

コピー用