Tool tophat

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概要

  • TopHatはRNA-seqで得られたリード・データ用の高速なスプライス・ジャンクション・マッパーです。超ハイスループットなショート・リード・アライナーであるBowtieを使ってRNA-seqのリードを哺乳類サイズのゲノムにマップした後、エクソンの間のスプライス・ジャンクションを見つけるためにマッピング結果を解析します。
  • TopHatのウェブサイト

入力ファイル

  • シングルエンドの場合:FASTQ File
  • ペアエンドの場合:FASTQ File(フォワード側)、FASTQ File(リバース側)

出力ファイル

  • マッピング情報(txt, bed)
  • マップ済みリード(bam)