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From Pitagora-Galaxy Wiki
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ダウンロード方法

Virtualbox-ova-128px.png

準備

VirtualBox をインストールしてください。

仮想マシンの入手

以下から仮想マシンを入手します。

起動手順

  1. 上記のリンクからOVAイメージをダウンロードします。
  2. VirtualBox マネージャーで、ファイル > 仮想アプライアンスのインポート、を開きます。
  3. ダウンロードしたOVAイメージを選択し、設定を変更せずにインポートします。
  4. VirtualBox マネージャーで、インポートされたVMを右クリックし「起動」します。
  5. VMの起動後、ブラウザで http://192.168.56.10/galaxy/ にアクセスします。

再起動方法

VirtualBox マネージャーで「閉じる」>「ACPIシャットダウン」で終了した後、再度「起動」します。

トラブルシューティング

  • 上記手順の5でGalaxyにアクセスできない場合、VMを再起動してみてください。
  • それでも、アクセスできない場合、ネットワーク設定の問題が考えられますので、詳しい方に訊くことをオススメします。VirtuaBoxマネージャーで、VirtuaBox > 環境設定 > ネットワーク > ホストオンリーアダプター >「+」 アイコンをクリックし、 新しいホストオンリーネットワークを追加します。このネットワークのアドレスを「192.168.56.1 / 255.255.255.0」として、ピタゴラギャラクシーのアダプター2に設定します。


作成中の仮想マシン

最新の仮想マシン

はじめて仮想マシンをインストールする方はこちらのガイドを参照してください。

仮想マシンのイメージをこちらからダウンロードして下さい。

過去の仮想マシン

Version 0.3.x

Version 0.2.x

Version 0.1.x

  • Version 0.1.7 (download)
    • database version: 120
    • ツール更新 (bowtie2, tophat2, filebrowser, macs14)
  • Version 0.1.6 (download)
    • database version: 120
    • ツール追加 (bowtie2, download_ref, imp_exp, filebrowser, sql_tools, sam_to_bam, bam_to_sam, macs14)
  • Version 0.1.5 (download)
    • database version: 120
    • データ用ストレージの追加
    • ユーザーがデータをパージできるように変更
    • ツール追加 (awk, sed, macs)
  • Version 0.1.4 (download)
    • database version: 120
    • トップ画面のリンクからインデックス・ファイルをダウンロード可能
    • データ・ファイル (~/galaxy-dist/database) は本体と別のストレージに格納されるように変更
    • URL を http://192.168.56.10:8080/ から http://192.168.56.10/galaxy/ に変更
    • Galaxy をサービス登録し、OS の起動時に Galaxy が自動起動されるように変更
    • ツール追加 (macs, bwa, sam_to_bam, bam_to_sam, export_to_sam)
  • Version 0.1.3 (download)
    • RNA-Seqのワークフローでtophat2が並行して動作するよう変更
    • メモリを2GBから4GBに変更
    • GalaxyのデータベースをSQLiteからMySQLに変更
    • AWSのインスタンスをt2.Microからt2.Mediumで動作検証
    • RNA-Seqのサンプルデータをアップロード
  • Version 0.1.2
    • Galaxy本体のストレージサイズを128GBに変更
    • VMをAWSにインポートし、公開テスト用サイトを公開
  • Version 0.1.1
    • Galaxy本体のストレージサイズを2TBから1TBに変更
    • ツール追加(cuffmerge, cuffdiff)
    • ワークフロー追加(RNA-Seq)
    • インデックス・ファイル用の空のストレージをマウント
  • Version 0.1.0
    • GalaxyのVMイメージを作成
    • ツール追加(fastqc, tophat2, cufflinks)