Workflow MeGAP pre

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概要

MeGAPを用いて微生物メタゲノムのアノテーションを行う(※前半まで。CLUSTを用いたアライメント以降は未実装)

  1. TestToolShed: 「megap_pre(Owner:emihat)」をインストール
  2. テストデータ: 適当な微生物メタゲノムのFastqを「GetData」(例:DRR018420
  3. アノテーションデータ: hg38PhiX174のリファレンス配列Fastaを「GetData」(※テストではhg38はchr22のみ使用)
  4. ワークフロー: 以下のデータを指定して実行
    • Step1のInput dataset: 2のテストデータを指定
    • Step2,3のInput dataset: 3のアノテーションデータを指定

入力ファイル

fastq

出力ファイル

フロー図

MeGAP WF.png

テスト方法